Министерство здравоохранения Республики Южная Осетия является органом исполнительной власти Республики Южная Осетия, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере охраны здоровья граждан на территории Республики Южная Осетия, лицензирования фармацевтической и медицинской деятельности, включая вопросы организации медицинской профилактики, в том числе инфекционных заболеваний, медицинской помощи и медицинской реабилитации, фармацевтической деятельности, качества, эффективности и безопасности лекарственных средств, судебно-медицинских экспертиз и судебно-психиатрических экспертиз, предоставления государственных услуг в сфере охраны здоровья, а также по контролю и надзору в сфере здравоохранения.
Министерство осуществляет координацию и контроль деятельности подведомственных ему государственных учреждений.
Министерство в своей деятельности руководствуется Конституцией Республики Южная Осетия, Конституционными законами Республики Южная Осетия, законами, действующими в Республике Южная Осетия, актами Президента Республики Южная Осетия и Правительства Республики Южная Осетия, иными нормативными правовыми актами, международными договорами Республики Южная Осетия, а также настоящим Положением.
Министерство осуществляет свою деятельность во взаимодействии с другими органами исполнительной власти Республики Южная Осетия, местными органами государственной власти, общественными объединениями и иными организациями.
Министерство является юридическим лицом, имеет обособленное имущество на праве оперативного управления, печать с изображением Государственного герба Республики Южная Осетия и со своим наименованием, иные печати, штампы и бланки установленного образца и счета, открываемые в соответствии с законодательством Республики Южная Осетия.